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1.使用软件MaxQuant对蛋白质组学进行搜库分析

使用MaxQuant对蛋白质组学进行搜库分析的步骤如下

1. 下载软件进入官网http://maxquant.org，选择MaxQuant软件，解压后无需安装，点击MaxQuant.exe即可使用

2. 下载待搜库物种蛋白质序列以下载人类蛋白组序列为例：打开UniProt网站，选择Taxonomy 》human。点击taxid 9606。选择View proteomes中的Reference proteomes。点击该数据库含有的蛋白数目82485。点击左上角的Reviewed (Swiss - Prot)，它是Reviewed，即人工审阅，归属于UniProt下的Swiss - Prot数据库，选中后点击右侧的Download即可

3. 使用MaxQuant（示例软件版本：MaxQuant_2.4.7.0）MaxQuant对蛋白质序列数据库fasta文件中的蛋白质序列进行模拟酶切和碎裂，将蛋白质序列信息转换为理论谱图数据。通过将理论谱图数据与实际采集到的原始谱图数据进行比对打分，实现搜库的过程

3.1 导入数据Load：导入质谱数据，主要原始数据格式有.raw (Thermo公司)、.d (Bruker公司)、.WIFF和.wiff.scan (SCIEX公司)等。Set experiment：设置实验组名称，注意如果设置相同的名称，后续搜库时会被合并。若样本数量多时可以像截图中一样直接点击No fractions自动导入0 - 5（Experiment列）的数字，后续可在搜库结果里修改

3.2 设定组特定参数对于常规的非标定量检测，可直接使用软件默认的参数。Type：默认选择Standard，label - free和MS1 - labeled样本选择Standard，习惯的同位素标记标记样本（TMT）选择Reporter ion MS2，同位素标记的MS3质谱选择Reporter ion MS3。Modifications：默认选择固定修饰Carbamidomethyl (C)、可变修饰Oxidation (M)和Acetyl (Protein N - term)。Variable modifications：指并非每个氨基酸都会发生的修饰，如蛋氨酸氧化（Oxidation (M)）可能只发生在某些蛋氨酸上。再比如，只有少数肽的N端会发生乙酰化（Acetyl (Prorein N - term)）。需要注意的是可变修饰会增加in silico肽数据库的容量，进而增加分析时间。Fixed modifications：指特定氨基酸每次出现时都会发生的修饰。这些修饰通常是人为引入的，如蛋白质组学样品制备中防止二硫键重新形成的半胱氨酸的氨基甲酰甲基化，也是该参数的默认值Carbamidomethyl (C)。Digestion：默认选择Specific和Trypsin/P。Max. missed cleavages默认为2。因为准确的裂解特异性等优点，胰蛋白酶在多数自下而上的蛋白质组学实验中都被用作蛋白酶。因此Enzyme默认值为Trypsin/P。胰蛋白酶能裂解精氨酸和赖氨酸C末端的肽段，除非其后有脯氨酸。MaxQuant使用该规则对蛋白质数据库进行in silico裂解。需要修改的参数：Label - free quantification：选择LFQ。Instrument：根据实际质谱检测的仪器选择Instrument type

3.3 设定全局参数Sequence：add导入参考的Human蛋白质序列数据库fasta文件。选中蛋白序列行，点击Identifier file，选中第5个Up to fisrst space，点击ok。可勾选参数及含义：Identification——Match between runs：由于缺失值的存在会削弱生物样本或实验条件之间真实定量差异的能力，Match between runs功能可以改善缺失值问题。PSM FDR：PSM水平的FDR阈值，由TDA计算得出，0.01代表1% FDR。Protein FDR：蛋白质水平的FDR阈值。Site decoy fraction：修饰位点表水平上对饵命中进行过滤。Min. peptides：鉴定一个蛋白质簇所需总肽段数的最小值，并在最终表格中报告。Min. razor + unique peptides：鉴定一个蛋白质簇所需razor + unique肽段数的最小值，并在最终表格中报告。Min. unique peptides：鉴定一个蛋白质簇所需unique肽段数的最小值，并在最终表格中报告。肽会以统计的方式组合成相应的蛋白质，因此主要应根据唯一肽进行判断。可以将参数设为1，即输出表中只报告至少有一个唯一肽的蛋白质。Min. score for unmodified peptides：接受MS2鉴定无修饰肽的最小Andromeda分数。推荐值为0，即除FDR外，没有额外的过滤。Min. score for modified peptides：接受MS2鉴定修饰肽的最小Andromeda分数。默认值为40。除对PSMs应用的FDR外，还需额外过滤。Min. delta score for unmodified peptides：接受MS2鉴定无修饰肽的最小Andromeda delta分数。推荐值为0，即除FDR外，没有额外的过滤。Min. score for modified peptides：接受MS2鉴定修饰肽的最小Andromeda delta分数。默认值为6。除对PSMs应用的FDR外，还需额外过滤。Base FDR calculations on delta score：如果选中，所有FDR计算都将使用delta分数作为输入。delta分数是得分最高的PSM与氨基酸序列不同、得分次之的PSM之间的分数差。Dependent peptides：无偏搜索来自已鉴定肽的修饰肽。Label - free quantification：勾选iBAQ。iBAQ是基于Intensity的强度值，除以该蛋白的理论可被检测的肽段数目计算而来的定量值，主要用于不同蛋白的相互比较

3.4 设置线程数，运行可以根据电脑的cpu数量进行设置

4. 搜库结果文件展示搜库完成后，主要结果在Combined文件夹下的txt子文件夹，包含上图中的文件，常用的文件有蛋白结果信息proteinGroups.txt和肽段结果信息peptides.txt。如果对于结果中的表头信息不太清楚，可查阅tables.pdf文件，其中解释了每个txt结果文件中各个表头的含义。

2....箱:从入门到精通的数据库攻略(四)|PX数据库下载教程

PX数据库（ProteomeXchange）是国际蛋白质组学数据共享联盟，提供标准化、高质量的蛋白质组学数据存储与共享服务，支持从搜索到下载的全流程操作。 以下是具体使用方法：

一、访问PX数据库打开PX官网（https://www.proteomexchange.org/），首页界面如下：Access Data：获取已有蛋白质组数据。Submit Data：上传自己的蛋白质组数据。

二、搜索数据集点击“Access Data”，进入搜索页面：筛选方法：顶部筛选栏：提供TOP10物种、检测仪器和关键词，支持通过USI板块输入USI编号搜索质谱谱图数据。左侧工具栏：支持任意关键词检索，或按发表时间、子数据库等条件筛选。数据集列表：以列表形式展示收录的数据集，包含以下信息：Dataset Identifier：数据集编号ID。Title：数据集名称。Repository：数据集所在子数据库（如iProX、PRIDE）。Species：样品物种。Instrument：检测仪器型号。Publication：数据集来源文献。Lab Head：上传实验室负责人姓名。Announce Date：数据集发表日期。Keywords：数据集关键词。

三、下载数据集iProX子数据库（以数据集PXD064347为例）：打开数据集页面，点击底部“iProX dataset URI”，跳转至iProX数据库页面：在“Download All Files”中选择下载方式：Aspera：高速传输协议，适合大文件下载。HTTP：普通下载方式，点击后跳转至下载页面：文件类型：RAW：质谱检测原始数据。SEARCH：搜库软件分析后的蛋白质定量数据。PRIDE子数据库（以数据集PXD049129为例）：打开数据集页面，点击底部“PRIDE project URI”，跳转至PRIDE数据库页面：文件信息：页面下方提供可下载文件列表，文件类型同样为RAW和SEARCH。下载方式：FTP：文件传输协议，适合稳固网络环境。GLOBUS：高性能数据传输工具，适合大规模数据下载。

四、核心分库特色总结PRIDE Archive：存储规模最大，支持多种数据格式和繁琐逻辑检索，结果中可直接预览质谱图关联的鉴定结果。iProX：亚洲重要节点，采用Aspera高速传输，符合中国人类遗传资源管理规范，适合临床队列等敏感样本研究。MassIVE：专注超大规模数据集（如TB级多中心临床研究数据）。PeptideAtlas：侧重肽段水平整合，适合验证新修饰位点或探索跨物种保守肽段。jPO